处于“义士”控制下的光绪帝，却变得更加开明，甚至超前。十七年政变时，宫中太监大部分都是太后一党，因此在扫荡后党的运动中，后党牵连的大部分宦官都被清洗或驱逐出宫，留下的只有几十人，光绪也没有多少嫔妃，于是在光绪十八年下诏遣散内务府，安全工作由直隶总督刘云负责，随后交其奉旨建立的内政部管理，几千年封建宦官制度就这样草草结束了（光绪对于古旧派的今后是否有“秽乱宫廷”问题的争论，答复道：“朕读古书，朝廷昏庸有宦官也不能防止，难道你是在责备朕的德行不修吗？”）。光绪十九年公历新年（自十九年起帝国采用年号和公历日月纪年，旧历仍然出现在农用日历中，被称为“农历”），皇帝为了增收节支，将大部分的紫禁城开放为“帝国博物馆”，百姓经过安检后可以购票入场，帝家珍品分批拿出来展览供人观瞻。光绪二十年，翁同和带领群臣奏请大庆祭典，光绪第一次在太和殿否决了没有要“恭请圣裁”的次谋部集团的奏章——经过牛金审核，认为可行的庆祝方案——而提出将十八年起每年牛金、马丰举办的京师产品交易会中的焰火等娱乐项目和庆典合并，通过他出席主持交易会，发表祝词，“与民同乐”，不但为帝国节约了八百万元（约八十八万两白银或二十九万英镑）的庆祝费用，而且通过推动交易会进入，反为帝国带来国营工业利润及其他税收项目受益超过一亿三千五百万元（一千五百万两白银或五百万英镑）。这三件事成为次谋部内部，文易等立宪派打击共和派的“大口径炮弹”。不过需要注意的是，这些事件都是在光绪十八年的除辫事件之后发生的。
朝廷中，古旧派对光绪十七年公武派废除科举制度的《新科令》狙击未果，对于光绪十八年刘云提出《满汉合一谕暨除剃法令》进一步发动了最激烈的狙击。许多老臣以头戗地，叩头出血，次日朝会之前，倒悬宫门要求维持祖制的大臣有数十人，刘云奏请“凡闭蒙不思进取者，其心与后党同。”一下子吓住了大部分的古旧派群臣，光绪也有些色变。
文易、刘云二人当夜入宫（刘云管理宫廷宿卫，古旧派大臣非朝会不得见驾）向皇帝密陈，至天明方回。其后两天光绪未上朝（据说次日光绪自闭于屋中整日，再次日召见次谋部众官员，众臣出来后面带惊喜色，京城大小绣房当夜接到官家急活连夜开工）。其后第十一天，光绪又未上朝，次谋部众臣也未到场，只见全副武装的内卫军官带着大队士兵在殿中。在古旧派众臣沸沸扬扬，数十人齐声高声呼唤“圣上”的混乱中，光绪皇帝，在抛弃了假辫子，文官一律西服革履，武将一律身穿帝礼服的次谋部众臣簇拥之下缓缓而出。只见他身穿 “肩挑日月，背负星辰” 对襟、阔袖的正黄九龙衫袍，头上没有了辫子，不长的头发被通天冠束住，其他众臣见了俱是目瞪口呆。海军大臣张之洞学识渊博，立刻热泪盈眶，五体投地涕泣道：“圣天子万寿无疆，万岁万岁万万岁！”数位汉人大臣也纷纷伏在地上嚎啕，哽咽着称“万岁”不已。
内卫军官一声令下：“除辫！”内卫官兵纷纷把帽子取下，拽掉了假辫子。“反了，反了……”无数满族古旧派大臣面色如土，有几个行将就木的老臣受不了刺激，当场口吐白沫晕厥过去。光绪皇帝下诏道：“中华本属一统，复国制本合天意，朕乃中华之子，当为万民表率。”命内卫向所有大臣当庭发放新的朝服立刻更换，赐金剪刀允许自由剪辫，公武派及不少汉族大臣纷纷凑趣。随后，光绪帝在带领众臣到达天坛祭天，并写祭文送往盛京祭祖，宣布《除剃发令》（规定剃留自由）立即生效，并下诏各级官员按先中央，后地方逐渐易新服。
后来分十年废八旗制度的《民族法》、废除等级森严的贵族制度的《勋爵法》和建立先中央后地方、先特殊后一般，在光绪二十五年基本建立新型司法体系的《法院法》的一系列改革政策，虽出自次阁手笔，但多为光绪宣诏亲自宣布，古旧派大臣已经无力发动大规模抵搪行动。最后一次反弹是光绪二十年春，京畿八旗“清君侧，复古制”的旗丁暴动，还被卫戍师事先得知，尽数俘灭。为首的庆亲王世子载振死于乱军之中，庆亲王奕劻被新成立的最高法院合议庭宣判有罪，判处终身圈禁，成为司法改革后的第一个祭品。从此，朝中古旧派大臣式微，内阁为公武派完全控制。
虽然政见分别不大，但从光绪剃发事件开始，皇帝和内阁官员争相标榜民意进而争夺改革主导权的竞争却隐隐开始。退出行政的古旧派转而利用其尚被承认的社会地位，进入立法和司法机构，特别是常在主导立法的资政院设计对内阁的杯葛。因为资政院和内阁均在名义上对皇帝负责而不存在隶属关系，“院阁之争”成为控制行政的内阁推行帝国新政的主要障碍。有时，不愿意“武力干预民主制度”的内阁，也不得不依赖皇帝出面平衡资政院的反击。
改革自上而下强制推行起来也引发了不少问题。最根本的问题在于虽然政府机构中的反对派可以镇压，但民众观念的改变却也颇费时日；激进的改革甚至就在中央如何实际落实有时也是很难办的事情。
新科举推行后，罗素兰面对国家的师资力量严重欠缺的数所空壳大学欲哭无泪，绞尽脑汁去节省每年一亿元的西学教育经费。他彻查手下有没有贪污到了神经质的地步，甚至熟睡中听到“贪”字就能从床上跳起。千省万省，三千多万学校设备采购维护费、超过四千万元西方专家学者的聘金和近二千万的翻译费用是无论如何省不下来的（这还是在他强拉无数同志客串教师的前提下，如始作俑者马丰曾在一开始被他勒令每周完成28小时以上的教学任务，不得不把铺盖和每天的文件带到大学，每天夜里讲完了就在教师休息室继续办公）。幸好军事方面的教育特别经费不算在内，要不然连教育署少得可怜的经办人员们的月薪都发不出了。
而扛了一个中央银行的空壳的莫宁除了要保证军费，支持国家工商业（莫宁每次都是阴森森地对始作俑者牛金说：“我一定支持——你，牛。”），还要防止伪钞、打击不法商人狙击新货币的图谋。他在天津、上海先后成功击退了投机商的行动，并在山西和不法钱庄反复周旋。虽然极大充实了国库，却至少熬出了几百根白头发。
（据说，内阁任命时，恰好同时得了风寒，结果被马丰和牛金分别代理了几个月的教育、财政事务的罗素兰和莫宁到了任上当天就大大问候了那两位急着当“创建者”的仁兄的女性前辈们，此后更是隔三差五就要亲切慰问一番）
如果说这些内政上的努力是呕心沥血，那么这个阶段外交上的工作，按照外务次官张志高的话，就是“功劳全当白干，苦劳一定挨骂”。外交是妥协的艺术，而且“弱国无外交”，辛苦了半天反而被别人说是卖国贼，这种痛苦非置身其中者绝难体会。
不能否认，最招致诟病，尤其是在资政院被杯葛次数最多的就是外交修约的工作。连公武派议员都对张志高起初提出的“门户开放换取废除不平等条约暨收复租界”的主张大肆抨击，认为是“丧权辱国”，次阁会议上农林大臣田正宏和财政次官莫宁也非常反对，认为该政策将有利于殖民主义不利于民族经济，只有是工商大臣牛金和科技次官马丰明确表示赞同，认为是时代潮流。后来不久发生了英国水兵事件，刘云奏请将所有外国租界中国居民迁出，并在租界外围筑围墙，这个要了外国商人的命。经过紧张磋商，英国、法国、美国三国先后和张志高进行了修约谈判，帝国收回了治外法权，向各租借地派驻法官，但是当地民法遵循租界国法律，治权也没有收回。张志高的修约谈判中，通过努力达成“自中国颁布符合法律精神的法典，建立独立司法体系，并以明文法律作为唯一司法根据之日起，租界国法律即行废止”和“自中国承诺遵循行政体制依照明文法律及承诺涉外处分事先向友邦通告之程序之日起，租借地治权即行归还”的条款被议员们讥笑为“镜花水月条款”，以及世人谈论都把修约功劳归于刘云的筑墙令，无不令张志高十分沮丧。当然，次谋会议上大家对他的劝慰和鼓励，多少让他的心理恢复了平衡。现在，次谋会议上最狂热的好战分子不是钟夏火等武将，而是这个文质彬彬的张志高：迫切希望中华显示天威的他，已经把目光投向了遥远的北方。
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